Díky malému převýšení (s vyjímkou oblasti pramene Labe) můžete na Labskou stezku vyrazit jak po, tak i proti proudu. Díky severo-západnímu proudění vzduchu přesto doporučujeme projet především německý úsek stezky proti proudu s šancí na vítr v zádech (především v servení části stezky).
Pokud v horní části Labe od pramene doporučujeme vzhledem k převýšení vyrazit po proudu řeky. K prameni se nejlépe dostanete sedačkovou lanovkou na Medvědín ze Špindlerova Mlýn (přeprava kol zajištěna) či krkonošským cyklobusem z Vrchlabí, případně po vlastní ose. Samotný pramene Labe leží v přísně chráněné zóně národního parku a poslední stovky metrů musíte proto urazit pěšky.